Moon Dong-eun wurde in der Schule einst gemobbt, da sie aufgrund ihrer niedrigen sozialen Herkunft eine Außenseiterin an der Schule war. Psychische Gewalt und Demütigung stehen an der Tagesordnung. Aber auch vor körperlicher Gewalt schrecken ihre Peinigerinnen nicht zurück. Den Lehrern und Lehrerinnen bleibt dies nicht verborgen. Doch diese sind entweder machtlos oder gleichgültig.
Heute als Erwachsene, ist sie von Wut getrieben und will sich an allen rächen, die sie damals gepeinigt und ihr Leben zerstört haben.
2055 stürzt ein Meteorit auf eine durch Verschmutzung und die globale Erwärmung verwüstete Erde. Der Himmelskörper ist mit außerirdischen Sporen namens Pandora bedeckt, die den Planeten reinigen, aber alles töten, was mit ihnen in Berührung kommt. In Hongkong versucht das Militär Pandora vergeblich zu zerstören und bringt eine Verschwörung ans Licht.
Die Lage scheint aussichtslos, denn die einzige Möglichkeit, Pandora zu zerstören, würde auch den Tod von Tausenden Menschen in der Gegend bedeuten.
1970 wird die vierhundert Jahre alte Saya vom Rat, einer Geheimgesellschaft, die seit Jahrhunderten Vampire jagt, an die Kanto High School in einer amerikanischen Militärbasis in Tokio geschickt. Saya hat das Aussehen eines Teenagers, ist aber ein Mischlingskreatur mit der Seele ihres menschlichen Vaters und den Kräften und der Blutgier ihrer Vampirmutter. Sie ist besessen davon, sich dem mächtigen Dämon Onigen zu stellen, der ihren Vater getötet hat.
Tokyo im Jahr 2013. Das Babylon-Projekt im Land ist abgeschlossen, die Labors ausgemustert oder entsorgt. Die dritte Generation der SV2, die als technisch unfähig gilt, existiert nur aus dem Grund, das Wissen um die Bedienung der Labors zu erhalten.
Doch plötzlich tauchen unberechenbare Terroristen auf, die den neuesten Kampfhubschrauber AH-88J2, den sogenannten “Gray Ghost“ in ihre Gewalt bringen. Voll ausgerüstet mit Maschinenkanone, Raketen und Hitzetarnung kann der Gray Ghost unentdeckt die Rainbow Bridge angreifen und 10 Millionen Bewohner der Hauptstadt als Geiseln nehmen.