Nachdem seine Frau Grace in den Armen seines fünf Jahre gealterten Sohnes gestorben und sein Kind Eden von Angelina entführt wurde, verliert Ben Stone die Nerven. Noch immer sucht er ohne Erfolg nach Eden. Die Position als Co-Captain des Rettungsboots hat er mittlerweile aufgegeben. Die restlichen Passagiere stehen nun schließlich unter ständiger Überwachung der Regierung. Seine Schwester Michaela gibt jedoch nicht auf. Zusammen mit Zeke, Jared, Saanvi, Cal und Olive versucht sie alles, um die Passagiere vor dem Tod zu retten.
Zehn Jahre sind vergangen, seit die Brüder Aaron und Justin den Klauen des religiösen Kults entkommen sind, in dem sie einst aufwuchsen. Doch nun taucht ein Videoband in ihrer Post auf, dessen Botschaft die Vergangenheit wieder auferstehen lässt – und nur kurze Zeit später finden sich Aaron und Justin wieder auf dem Weg in die kärglich-mysteriöse Abgeschiedenheit ihrer einstigen Heimat im südkalifornischen Hinterland.
Im Camp Arcadia scheint keiner gealtert, Vögel fliegen in seltsamen Formationen und bizarre Hügel markieren ein unwirkliches Territorium. Als die Ereignisse sich zuspitzen, müssen Aaron und Justin erkennen, dass die Wahrheit selbst ihre kühnsten Vorstellungen bei weitem übertrifft…
In der zweiten Staffel schließt sich das Androidenpaar Mutter und Vater einer neu geformten Atheisten-Kolonie auf dem Planeten Kepler-22b an. In der geheimnisvollen tropischen Zone wollen sie ihre sechs Menschenkinder großziehen, doch im Kollektiv gibt es bald einige Komplikationen. Zumal das „natürliche Kind“ von Mutter die Menschheit endgültig auslöschen könnte.